Programma 

Nel corso si affronteranno i principali step di analisi usati nello studio dei microbiomi. Si partirà con un'introduzione sull'ambito scientifico e un inquadramento pratico dell'ambiente di sviluppo delle pratiche per produrre analisi riproducibili.

Si passerà a tematiche generali quali il trattamento di file raw di sequenziamento HTS i processi di QC e l'identificazione tassonomica.  Nella terza parte del corso verrà dato spazio alle tecniche statistiche in uso comune per l'analisi base dei microbiomi

Day 1

• Breve introduzione sui concetti di Metagenomica. Di cosa parleremo?
• Design sperimentale
• Strategie di impostazione di laptop e cloud
• Una breve introduzione a LINUX e all'ambiente BASH - Presentazione
• Introduzione alla shell BASH

Day 2

• Introduzione al formato FASTQ e agli oggetti Qiime - ppt
• Esperimento del suolo di Atacama e caricamento dei dati
• Concetto chiave: OTU o ASV;
• Denoising e DADA2;
• Assegnazione tassonomica

Day 3

• Analisi della diversità
• Diversità alfa e beta
• Analisi multivariata delle comunità ecologiche
• Analisi dell'abbondanza differenziale delle comunità microbiche

Organizzatori e Docenti  del corso

Anna Sandionigi ha un dottorato di ricerca in Biologia ed è specializzata in bioinformatica e metodi di biostatistica per la ricostruzione di genomi e l'identificazione di specie da dati ambientali di metagenomica. Attualmente è coinvolta nel progetto EIT come consulente esperto per lo sviluppo di un motore di ricerca che opera su un database centralizzato basato sui dati genomici SARS-COV2. 

Attualmente è Data Analyst per Quantia Consulting srl, ed è docente in numerosi corsi e Master presso l'università di Bicocca.

Davide Gentilini è laureato in Biologia, si è specializzato in genetica medica presso l'università degli studi di Milano ed ha poi proseguito la sua formazione presso l'università degli studi di Pavia con un Master di II livello in epidemiologia genetica e molecolare e un dottorato in Scienze Statistiche e Sanitarie. Attualmente è Professore Associato in statistica medica presso il dipartimento di scienze del sistema nervoso e del comportamento dell’università di Pavia e responsabile dell’unità di bioinformatica e statistica genomica presso l'Istituto Auxologico Italiano.

ISCRIZIONE

Dopo la registrazione al corso gli interessati verranno contattati dalla segreteria amministrativa che provvederà a illustrare le modalità di pagamento. L'iscrizione vera e propria verrà finalizzata con il versamento della quota di iscrizione